Pasak istorinių šaltinių, 1750 m. buvo atidarytas Saugų mokyklos pirmasis komplektas, o 1896 m. – antrasis. Tais laikais mokyklą lankė Saugų, Kukoraičių, Joniškių, Dokiškių kaimų vaikai. Iki Antrojo pasaulinio karo Saugose buvo mokoma lietuvių ir vokiečių kalbomis. Mokykloje veikė “Hitlerjugendo“ organizacija, jai priklausė vyresnieji mokiniai. Po karo šiame krašte liko mažai gyventojų, todėl tik 1946 m. Išlūžės kaime, Bergo name, buvo įkurta Saugoms priklausanti pradinė mokykla.
Dėl mažo mokinių skaičiaus Išlūžės pradinė mokykla buvo perkelta į Saugų centrą. Iš pradžių buvo tik viena klasė, kurią mokė mokytojas Tadas Stankus. 1947–1949 m. Saugose jau veikė pilna pradinė mokykla. 1949–1950 mokslo metais mokykla reorganizuota į septynmetę, jai pradėjo vadovauti direktorius Stasys Jankus. Labai skaudus įvykis sukrėtė visą mokyklos bendruomenę, kada 1952 m. mokinių sporto šventės metu, gelbėdama mokinio gyvybę, Minijoje nuskendo mokytoja Genovaitė Pangonytė.
1956 m. mokykla tampa vidurine, nors yra dar tik aštuonios klasės. Mokyklai pradeda vadovauti direktorius Jonas Rapalavičius. 1959–1960 metais išleidžiama pirmoji abiturientų laida – 11 abiturientų, tarp kurių ir pirmoji sidabro medalininkė Rūta Būdrytė.
1966 m. istoriniai Saugoms–dedami pamatai naujam mokyklos priestatui, kuriame pradedama mokyti 1968 m., o po metų, 1969–aisiais, duris atveria ir nauja sporto salė. Mokykloje įsteigiamas sporto mokyklos lengvosios atletikos filialas. 1976 m. greta anglų pradedama mokyti ir vokiečių kalbos. Didėjant mokinių skaičiui 1981 m. pastatytas naujasis priestatas, ir visos klasės jau mokosi viename pastate. Nuo 1993 m. vyresniųjų klasių mokiniai mokomi dviem profiliais, mokinių patogumui įrengiama skaitykla.
Nuo 1950 m. iki šių dienų mokyklai vadovavo 9 direktoriai ir 23 pavaduotojai. Iki šiol ilgiausiai vadovavo šios mokyklos auklėtinis Gedeminas Pečiulis – 19 m. ir Zelma Jazbutienė – 15 m. Nuo 2013 m. mokyklai vadovauja – Jurgita Lidžiuvienė. Pavaduotoju ilgiausiai išdirbęs (20 m.) Jonas Dagelis buvo ir pirmosios abiturientų laidos auklėtojas. Ilgiausiai (daugiau nei 40 metų) mūsų mokykloje dirbo mokytojai P. Būdvytis, A. Savickas, A. Berienė, P. Bajorinienė, E. Urbonavičienė, D. Savickienė, A. Laurinavičienė, L. Saprončikienė, virš 30 metų dirbo A. ir E. Regelskiai, A. Būdvytienė. 38 metus bibliotekai ir skaityklai vadovavo A. Indriūnienė.
Į mokyklos istoriją įrašytos dvi aukso medalininkės: V. Dromantaitė, D. Judeikytė, 7 sidabro medalininkai: R. Budrytė, J. Slavinskas, R. Urbonas, J. Jankutė, D. Mulskytė, A. Jazbutis, Ž. Bajorinaitė ir trys moksleivės baigusios mokyklą su pagyrimu: R. Valančiūtė, R. Oželytė, G. Satkevičiūtė. 2003 m. laidos abiturientas J. Drachneris pagal pasiektus valstybinių egzaminų rezultatus pateko į rajono geriausių abiturientų dešimtuką.
1998 m. rugpjūčio mėnesį mokyklai suteiktas “Aušros” leidėjo ir pirmojo redaktoriaus Jurgio Mikšo vardas. 1999 m. kovo 19 d. atidengta Jurgio Mikšo atminimo lenta. Ši diena laikoma ir mokyklos muziejaus įkūrimo data. 2006 m. buvo paminėtas Saugų vidurinės mokyklos 50-metis. Iki 2008 metų mokykla išdavė atestatus 1039 mokiniams. 2008 metais mokykla paminėjo Jurgio Mikšo vardo 10-metį, o 2018 m. iškilmingai minėjo 20-metį kartu su šio vardo suteikimo iniciatoriumi profesoriumi Domu Kaunu.
Paskutiniais metais mokykloje mažėjo mokinių skaičius, ypač vyresnėse klasėse, todėl nuo 2008 rugsėjo 1-osios, mokykla tapo pagrindine. Baigę dešimt klasių mūsų mokiniai renkasi profesines mokyklas arba tęsia mokslus gimnazijose. Visada yra smagu girdėti gerus atsiliepimus apie mūsų paruoštus mokinius iš gimnazijų kolegų. Mūsų buvę mokiniai patenka tarp geriausių rajono abiturientų: 2012 m.– T. Kontrimas ir D. Judeikis, 2014 m.– E. Užpurvytė, 2018 m.– D. Martinkutė.
Nuo 2017 m. kasmet visa mokyklos bendruomenė pradėjo rinkti ir apdovanoti šauniausius mokyklos bendruomenės narius. Geriausiais tėvų atstovais jau išrinkti A. Kasiliauskienė, J. ir Z. Jauniai, L. ir C. Mcivor, A. Bendikienė, A. Kazlauskienė, geriausiais mokyklos darbuotojais išrinkti P. Barkauskas, E. Strelčiūnas, I. Daknevičienė, V. Nemanius, B. Jauniuvienė. Geriausiomis pedagogėmis išrinktos D. Montvydienė, B. Sabaliauskienė, R. Gečienė, L. Beržinienė, B. Kaminskienė. Geriausiais mokiniais išrinkti G. M. Kaktaitė, U. Mauricaitė, Ž. Paulauskas, K. Šeputis, V. Lidžius.
Laikas nestovi, o mūsų mokykla ir toliau sėkmingai kuria ir rašo savo istoriją…